Objetivo do trabalho é descrever as taxas padronizadas de mortalidade e os aglomerados espaciais de alto e baixo risco dos óbitos por neoplasias de mama e de colo do útero no município de São Paulo. Método: Estudo ecológico. Considerou-se os óbitos por neoplasia maligna da mama e do colo do útero que ocorreram na população feminina, com 20 anos e mais de idade, residente no município de São Paulo, no período de 2000 a 2016. Utilizou-se o método direto para a padronização das taxas por idade. Abordagens espaciais realizadas: georreferenciamento e análise de estatística de varredura. Resultados: os óbitos em decorrência das duas neoplasias apresentam padrões opostos. Nas áreas centrais do município estão concentradas as maiores taxas e aglomerados de alto risco de neoplasia da mama, enquanto nas áreas periféricas estão concentradas as maiores taxas e aglomerados de alto risco para a neoplasia do colo do útero. Conclusões: o conhecimento dos padrões distintos da distribuição espacial da mortalidade por estas neoplasias é importante para a saúde pública, uma vez que pode permitir o direcionamento de recursos para atenção à saúde, auxiliando à vigilância e à gestão municipal.